W tym samym roku trafił do FC Porto, które właśnie wygrało
Ligę Mistrzów. Miał być następcą swego rodaka z portugalskim paszportem - Deco, ale trener Co Adriaanse nie darzył go zaufaniem. Ponieważ niewiele grał, nie znalazł się w składzie Brazylii na mistrzostwa świata w
Niemczech, co było dla niego olbrzymim rozczarowaniem. W
maju, tuż przed mundialem Werder kupił go z Porto za 6 mln euro.
W Bundeslidze miał prawdziwe wejście smoka - w dwóch pierwszych meczach zdobył dwa gole, miał trzy asysty i został piłkarzem miesiąca. Media szybko okrzyknęły go "jednym z dwóch motorów napędowych Werderu" obok Thorstena Fringsa. Zdobył w sezonie 13 goli, a czytelnicy "Kickera" wygrali go na zawodnika sezonu - dostał aż 50 proc. głosów. Także jemu przypadł tytuł strzelca najładniejszej bramki - w meczu z Alemannią Aachen trafił do siatki z... 62,5 m! "Frankfurter Allgemeine Zeitung" napisał, że po odejściu Michaela Ballacka do Chelsea to właśnie Diego przejął status największej gwiazdy
Bundesligi.
Wielka forma sprawiła, że Brazylijczyka chciały kupić
Real Madryt i Barcelona, ale dyrektor sportowy Werderu Klaus Allofs oznajmił, że klub nawet nie będzie słuchał ofert dla swego gwiazdora.